Neljä toimintaseuraa ja yksi jaosto muodostavat yhdistyksemme toiminnan peruskiven. Lisäksi Lyseon lukiolla toimii Sigma-kerho.
Toimintaseuroja ovat Savon Sieniseura, Lintukerho, Saturnus ja Ilmastonuoret sekä Kuikka- jaosto. Ne keskittyvät nimensä mukaisesti luonnontuntemuksen eri alueisiin. Sieniseura sieniin, Lintukerho helppoon linnuntunnistukseen, Kuikka vähän edistyneimmille lintuharrastajille, Saturnus tähtitaivaan ilmiöihin ja Ilmastonuoret paikalliseen ilmastotoimintaan. Toimintaseurat järjestävät kaikille avoimia retkiä ja tilaisuuksia. Kaikkien toiminnasta ja yhteyshenkilöistä voit lukea lisää oheisesta linkistä.
Luontokirjalukupiiri käynnistelee myös toimintaansa.
Yhdistys järjestää tiistai-iltaisin kaikille avoimia Luontoiltoja, missä on aina noin tunnin kestävä esitys eri aiheista ja sen jälkeen vapaata yhdessäoloa pienen tarjoilun kera. Näistä saa tietoa ”Tapahtumat”-kohdasta ja Facebookista.
KLYY jakaa rahastostaan apurahoja perinnöllisyystieteen (genetiikka) tutkijoille ja opiskelijoille, luontoa käsittelevään julkaisutoimintaan, kasvien ympäristövaurioihin kohdistuviin tutkimuksiin tai opinnäytetöihin sekä jäsenapurahoja luontoon, ympäristöön sekä KLYYn toimintaan liittyviin tutkimus- ja harrastushankkeisiin ja julkaisutoimintaan.
Lisäksi yhdistys järjestää erilaisia retkiä ja tapahtumia sekä ottaa aktiivisesti kantaa ympäristöön vaikuttaviin hankkeisiin.