Soidensuojelun täydennysohjelman työryhmä aloitti ohjelman valmistelun vuonna 2012. Ohjelmaa varten kartoitettiin noin 300 000 ha soita, josta alustavan arvion mukaan korkeintaan noin 100 000 ha valtion ja yksityisten maanomistajien omistamia soita oli tarkoitus sisällyttää ohjelmaan. Suojeltu osuus olisi vastannut hieman yli 0,5 % Suomen alkuperäisistä soista joita oli noin 10,4 miljoonaa hehtaaria. Puustoisten soiden osalta ohjelma olisi paikannut hyvin Etelä-Suomen metsien monimuotoisuuden toimintaohjelman (METSO) suojelutavoitteita.
Kiista soidensuojelusta yksityismailla
Suojeluohjelmaa valmisteltiin huolellisesti hyvässä hengessä. Ohjelman valmistelu eteni kansallisen suostrategian, hallitusohjelman ja valtioneuvoston tekemän soiden ja turvemaiden kestävää käyttöä koskevan periaatepäätöksen linjausten mukaisesti.
Ohjelman aikana valmistelu oli avointa ja myös maanomistajien palaute oli pääosin myönteistä ja tiedustelevaa. Vuoden 2014 lopussa oli tarkoitus järjestää lain mukainen kuuleminen suojeluun ehdotettavista soista. Tämän perusteella tehtyjen tarkennusten jälkeen oltaisiin tehty poliittiset päätökset suojelusta. Luonnonsuojelulain mukaisesti viranomaisilla olisi ollut kuulemisien jälkeen myös mahdollisuus muokata kohteita ja niiden rajauksia.
Hyvin valmisteltu suojelualoite perusteluineen ja korvaustarjouksineen oli tarkoitus lähettää maanomistajille keskitetysti. Halutessaan maanomistaja olisi saanut korvauksen yksityisen luonnonsuojelualueen perustamisesta, jolloin maanomistus ei olisi muuttunut ja esimerkiksi riistanpyyntiä suolla olisi voinut vapaasti jatkaa. Lokakuussa 2014 silloinen ympäristöministeri, kokoomuksen Sanni Grahn-Laasonen, kuitenkin pysäytti valmistelun vedoten siihen, että METSO-ohjelman kaltaisen vapaaehtoisen suojelun mahdollisuudet olisi tutkittava ennen päätösten tekoa. Erityisesti kritiikki kohdistui pakkolunastusmenettelyn mahdollisuuteen.
Ministerin ehdottama täysin vapaaehtoinen suojelu olisi johtanut suojeltujen alueiden satunnaisuuteen ja suojelun koordinoimattomuuteen. Tällöin saman suojeluvaikutuksen aikaansaamiseksi olisi tarvittu moninkertainen määrä soita. Soidensuojeluohjelmassa pakkolunastusmenettely olisi voinut tulla kyseeseen niissä harvoissa tapauksissa, joissa neuvottelu esimerkiksi korvaushinnasta ei olisi johtanut tulokseen ja suokohde olisi ollut kuitenkin valtakunnallisesti merkittävä. Myös tällöin maanomistaja olisi saanut alueesta täyden korvauksen. Suojeluohjelman valmistelun aikana ei ilmennyt erityisiä ristiriitoja ja palaute oli ollut pääosin myönteistä. Pakkolunastukset ovat arkipäivää tie- ja ratalinjojen tekemisessä kun taas harvinaisuus luonnonsuojelutoimien yhteydessä sillä Suomessa tehdään vuosittain noin 700 pakkolunastusta, mutta esimerkiksi vuonna 2013 näistä vain 18 tehtiin luonnonsuojelun vuoksi.
Soidensuojeluohjelman täydennysohjelman alasajo
Ympäristöjärjestöt ehdottivat syksyllä 2014 että ohjelmasta voitaisiin toteuttaa puolet eli 50 000 ha suojelemalla valtion omistamat arvosuot. Juha Sipilän (Keskusta) hallitus päätti lisäksi leikata luonnonsuojelualueiden vuotuisesta hankerahoituksesta pois 62 %. Keväällä 2015 Etelä-Suomesta päätettiin suojella valtion soita noin 6000 ha josta 5000 ha suojeltiin lakisääteisesti ja 1000 ha Metsähallituksen omien, vähemmän sitovien velvoitteiden avulla. Kun yksityismaiden suojeluohjelma kaatui poliittiseen jarruttamiseen ja määrärahaleikkauksiin, luonnonsuojelujärjestöt esittivät, että alkuperäisestä suojeluohjelmasta voitaisiin toteuttaa puolet suojelemalla noin 50 000 hehtaaria valtionmaiden valtakunnallisesti arvokkaita soita.
Tätä ei kuitenkaan Metsähallituksen ja MMM:n vastustuksen vuoksi toteutettu. Syksyllä 2015 päätettiin lopulta lisätä valtion mailla olevista soista vielä 20 000 ha kaikkein arvokkaimpia soita suojeluohjelmaan. Näistä 16 000 ha suojellaan lakisääteisesti ja 5000 ha säilytetään Metsähallituksen omilla päätöksillä.
