Suomessa Luonnonkukkien päivän järjestelyt toteutuvat laajalla yhteistyöllä. Tapahtuman koordinointi hoidetaan Suomen luonnonsuojeluliitossa. Luonnonkukkien päivän järjestelyistä Suomessa vastaavat:

• Suomen luonnonsuojeluliitto ry
  
• Luonto-Liitto ry
  
• Natur och Miljö rf
  
• Suomen biologian seura Vanamo ry
  
• Societas pro Fauna et Flora Fennica
  
• Metsähallitus Luontopalvelut
  
• Luonnontieteellisen keskusmuseon kasvimuseo
  
• Suomen ympäristökeskus
  
• Biologian ja maantieteen opettajien liitto BMOL ry
  
• Kasvityöryhmä
• WWF Suomi
  

Muissa Pohjoismaissa Luonnonkukkien päivän järjestelyistä vastaa kansallinen kasvitieteellinen yhdistys. Suomessa tällaista ei ole.

• Ruotsi: Svenska Botaniska Föreningen
• Tanska: Dansk Botanisk Forening
• Norja: Norsk Botanisk Forening
• Islanti: Flóruvinir
• Färsaaret: Føroya Náttúrugripasavn